Історія діяльності митної системи Республіки Молдови починається відразу ж після проголошення незалежності держави — 4 вересня 1991 року, з моменту вступу в силу Указу Президента Молдови № 189 від 3 вересня 1991 року «Про підпорядкування митних установ на території Республіки Молдови».
Цей Указ передбачав перехід всіх митних структур, розташованих на території Республіки Молдови, які перебувають на той момент з митниць Унгень, Леушень і внутрішньої митниці Кишинеу, під керівництво Уряду Республіки.
Митна служба Республіки Молдови є центральним адміністративним органом, який забезпечує економічну безпеку держави, здійснює митну політику і безпосередньо керує митною діяльністю в Республіці Молдові.
В мети митної служби входить забезпечення відповідно до міжнародних стандартами економічної безпеки держави, спрощення процедур торгівлі в співпраці з громадянським суспільством і бізнес-спільнотою, з метою розвитку міжнародної торгівлі і створення клімату, сприятливого для залучення інвестицій.
Місія митної служби полягає в реалізації митної політики, з метою забезпечення економічної безпеки держави, за допомогою забезпечення безпеки міжнародного товарообігу, дотримання митних правил, стягнення імпортних і експортних митних платежів, боротьби з митними правопорушеннями, розвитку професійної та транспортної адміністрації, яка впроваджує міжнародні стандарти для спрощення митних процедур і захисту суспільства, застосовуючи неупереджено митне законодавство .
З жовтня 1994 року Республіка Молдова стала повноправним членом Всесвітньої митної організації. З моменту створення митних органів і до сьогоднішнього дня спостерігається їх постійне і стабільний розвиток, що відбивається в освоєнні сучасних технологій, що використовуються в міжнародній практиці.