9 вересня 1991 року Указом Президента Республіки Молдова № 196 був скасований Комітет державної безпеки Республіки Молдови, і на його основі утворено Міністерство національної безпеки (МНБ). 16 вересня того ж року Уряд затвердив основні функції та структуру МНБ, а 6 квітня 1992 року — Положення про Міністерство національної безпеки.
9 вересня 1997 року по нагоди 6-ої річниці утворення Міністерства національної безпеки Указом Президента Республіки був заснований професійне свято — День працівників державної безпеки Республіки Молдова.
23 Грудень 1999 року парламент Республіки Молдова прийняв Закон про Службу інформації і безпеки Республіки Молдови. Таким чином, було завершено процес реорганізації МНБ. При МНБ був створений і активно діє Навчальний центр — система початкової оперативної підготовки офіцерів, що зараховуються на оперативну роботу.
Першочергові зусилля МНБ були направлені на попередження можливих міжетнічних і соціальних конфліктів і наступних за ними збройних зіткнень, рішення задач по оперативному та всебічному інформуванню Президента Республіки, Парламенту та Уряду про обстановку в країні, виникнення небезпечних явищ і процесів, на їх нейтралізацію.
За цим і багатьом іншим питанням регулярно направлялися вищому керівництву республіки відомості та доповідні записки в більшою мірою прогностичного характеру, що дозволили вжити термінових заходів, не допустити можливі антидержавні дії.
Були також попереджені і локалізовані деякі дії, спрямовані на дестабілізацію соціально-політичної обстановки, компрометацію прийнятих керівництвом Республіки заходів щодо мирного вирішення військового конфлікту, інших проблем політичної, міжетнічної та територіального характеру.